پس از غصب ولایت حضرت امیرالمومنین علی (ع) در سقیفه، امکان تحقق ولایت تامه الهی از مسلمین و به طور خاصه شیعیان سلب شد و تا ظهور حضرت حجت (عج) در روز موعد به تاخیر افتاد. از آن تاریخ به بعد دو رکن اصلی دین الهی؛ قرآن و خاندان عترت و طهارت، مهجور واقع شدند و البته ذات دین اسلام و شریعت محمدی توسط امامان همام علیهما السلام و هدایتهایشان از گزند طاغوتها و شیاطین در امان ماند و شیعیان با پیگرفتن تعلیمات ایشان توانستند، اسلام ناب محمدی را زنده کنند. اما این راه نیز پس از غیبت حضرت ولی عصر(عج) سخت و سختتر شد و آزمون دیگری از جانب پروردگار برای مومنین حقیقی مطرح گشت. تا آنگاه که باز دوباره حجت خدا در میان خلق ظهور کرد، کلمه حق همچون روزگار پس از رحلت حضرت رسول بی رهرو و بییار و یاور نماند.
اما این رنج و تعب ناشی از غیبت امامان معصوم که راهبر و مفسر دین بودند، سبب شد که نحلهها و مکاتب و فرق مختلفی در میان شیعیان شکل بگیرد و هر یک به طریقی سعی نمایند با تمسک به مآثر اسلامی؛ یعنی کتابخدا و روایات ائمه معصومین علیهما السلام و عقل، راهی برای هدایت امت اسلامی و نیز رهاندن آن از آفات جور و ظلم و شرک و کفر بیابند. در این شرایط بود که کلیت دین اسلام در اجزاء مختلف ظهور کرد و هر یک از عالمان و خواص امت اسلامی جزئی از آن کلیت را محقق کردند و هر قسمی از دین در هیئتی ظاهر شد. در این زمان است که فقه و کلام و عرفان و فلسفه و طب و طبیعات اسلامی پیدا شدند و هر یک از افراد امت اسلام را به خود فرا خواندند. اما آن چه در این میانه همواره یکی از دغدغههای مومنین و علمای اسلام بود، میزان قرب و بعد تعالیم و آموزههای این نحلههای دینی با حقیقت دین اسلام بود. هر چند که اصل و ریشههای درخت دین به مدد قیام سرخ حسینی و روشنگریهای سبز علوی امامان هدی علیهما السلام حفظ شده بود اما بر اثر غفلت نخستین و پس آز آن غیبت حجت خدا از دیدهها، مناقشه در ساقه و برگ و میوههای این شجره طیبه فراوان شد.
یکی از مکاتبی که به ویژه در صد سال اخیر در میان شیعیان ظهور پیدا کرده است و البته به گونهایی دیگر در ادوار گذشته تاریخ اسلامی در قالب هایی چون اخباریگری سابقه داشته، مکتب تفکیک است. مکتب تفکیک که به طور رسمی و علنی از تلاشهای علمی میرزا مهدی اصفهانی (ره) آغاز شده است، در اندیشه خلوص معرفت دینی است. عالمان و پیروان این مکتب معتقدند معرفت دینی رایج در میان اهل امت اسلام در اداوار گذشته اسلامی آغشته به آموزههای غیروحیانی و غیر الهی شده است و آنچه مسلمین و به طور خاصه شیعیان در نزد خویش دارند، به دلیل غیبت معصوم، معارف حقه اهل بیت علیهما السلام نیست. از این رو بزرگان این مکتب درصدد سرهسازی معارف اسلامی از وارداتی هستند که حقانیت آنها از طرف قرآن و روایات معصومین (ع) به طور واضح و آشکارا تایید نشده است.